По результатам участия в краевом проекте министерства образования Красноярского края по созданию сети специализированных классов и согласно решению министерства образования Красноярского края в 2016-2017 учебном году, став победителями, мы открыли специализированный 10 класс естественнонаучной направленности с целью создания организационно-педагогических условий, обеспечивающих специализированную подготовку обучающихся 10 - 11 классов по предметам естественнонаучного профиля для формирования у обучающихся мотивации к выбору профессиональной деятельности.
В 2018 учебном году все 25 обучающихся этого класса успешно окончили 11-й класс. Успешно прошли ЕГЭ. Результаты выпускников отдельных по профильным предметам: химия - 92 балла, биология - 84 балла. Все выпускники поступили в ВУЗы, из них - 21 поступили в ВУЗы на обучение на бюджетной основе. Выпускники проходят обучение: СФУ Сибирский федеральный университет (Фундаментальная и прикладная химия. Экология и природа пользования), НГИИ Норильский Государственный индустриальный институт (Электроэнергетика), БГТУ Балтийский государственный технический университет имени Д.Ф. Устинова «Военмех» (Информатика и вычислительная техника), НГТУ Новосибирский Государственный технический университет (Факультет летательных аппаратов, баллистика и аэродинамика) и др.
В 2022-2023 учебном году в МБОУ "Лицей № 3" функционируют специализированные классы естественнонаучной направленности: 10А и 11А.Обучение в специализированных классах основано на принципе уровневой дифференциации, направленной на выявление способных и одаренных детей в естественнонаучном направлении. Созданы условия для наиболее полного их интеллектуального и личностного развития, предусмотрены активные формы обучения: исследовательская деятельность, проектные методы обучения. Лабораторные и практические занятия проходят в лабораториях ФГБОУ ВПО «Норильский индустриальный институт». Практические занятия с применением демострационных, интерактивных тренажеров на проходят базе КГБПОУ «Норильский медицинский техникум».
Созданы максимально благоприятные условий для развития и постоянного развития возможностей обучающихся СПОК. Наличие разнообразных дополнительных программ позволяет ученикам специализированных классов выстраивать индивидуальные образовательные траектории, которые способствуют расширению знаний и формированию интереса к дальнейшему изучению естественных наук и профессиональному самоопределению.